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反应器活性污泥的中出现的氨氧化弧菌（AOA）能将氨从废水中去除。利用PCR引物，可以从在低溶解氧和较长水力停留时间的污水处理厂中得到目标氨细菌单氧化酶亚氨化基因（amoA）的75个基因序列。所有的基因序列与先前从沉淀池，土壤中发现的类似，他们主要出现在四种不同生活史的种群中，其中一个种群主要出现包括与活性污泥中完全相同的amoA序列，它占总序列的67%，这表明，在硝化生物反应器中，AOA营养型的微生物可能广泛存在。