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农村的畜牧业快速发展带来农村经济的发展和生活水平的提高，由于管理不当和发展初期“重发展淡环保”的观念也带来许多有关污染问题，特别加重了水源、土地和环境的破坏，严重影响人们生活的质量和人身建康。为了更好保护和改善生态环境，保障人民群众身体健康，实现畜禽养殖业健康可持续发展，必须开展畜禽养殖业污染综合防治，推进畜禽清洁生产和生态化养殖，实现畜禽养殖废弃物减量化、无害化、资源化，促进畜牧业生产与生态环境全面协调发展。畜牧养殖污染的整治包含划定养殖区与分类整治措施两部分。