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以公平和效率为视角，探讨政府与社会资本合作（PPP）模式下的城市轨道交通政府补贴机制。首先提出政府补贴的资本性、资源性、经营性3种方式，其中，经营性补贴在技术上存在公平和效率的矛盾。其次，着重对比分析经营性补贴按客流、按车公里成本、按财政部21号文核算这3种主要模式。最后，提出政府是维持补贴公平的关键，资源性补贴是提升效率的关键，经营性补贴应以效率为先，兼顾公平，其中按车公里补贴模式是如今较合理的补贴方式。