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辽东万宝钼矿床位于华北地台北缘，中朝准地台胶辽台隆营口一宽甸台拱东部。受燕山晚期成矿作用，矿体呈脉状及透镜状产于燕山晚期的小侵入体中，赋矿围岩为蚀变的花岗闪长岩及石英斑岩，围岩蚀变发育，绢云母化、硅化、绿泥石化和碳酸盐化与矿化关系密切。根据矿床地质特征及同位素特征分析，认为矿床是与燕山晚期侵入岩有关的岩浆期后浅成中温热液矿床。