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利用PCR技术对日本黄姑鱼和鮸状黄姑鱼线粒体DNA的细胞色素b基因片段进行了扩增，PCR产物直接测序，分别获得日本黄姑鱼和鮸状黄姑鱼1137bp的序列。通过对两种鱼的Cyth序列的比对分析，得出两种鱼序列的相似性为99．82％；分析了两种鱼序列的碱基组成及碱基变异情况，发现两种鱼的序列差异明显，碱基替换较多，而且有2个位点可以作为区分两种鱼的分子标记。因此，可以将Cyth基因作为种间分子鉴定或更高分类界元遗传分析的分子标记。