论文部分内容阅读
为研究牛FOXA2基因的生物学功能及其启动子的转录调控元件,通过MEGAX软件构建了黄牛、绵羊、挪威大鼠、小鼠、人和恒河猴6种动物的FOXA2系统进化树,利用GO功能注释和KEGG通路富集分析FOXA2靶基因的生物功能,利用不同启动子分析软件预测了FOXA2基因启动子区域的启动子核心区域、CpG岛和转录因子结合位点.结果表明,6种动物的FOXA2遗传距离都较近,说明该基因的在进化上比较保守.KEGG分析将FOXA2的靶基因富集到81条通路上.筛选到4个潜在启动子分别为914～964 bp、1120～1170 bp、1520～1570 bp和1528～1578 bp处.预测302 bp和1568 bp处为转录起始位点,且在1537 bp处发现TATA框,4个潜在的启动子均在预测到的CpG岛内,使用PROMO从2000 bp的启动子区域中预测到68个转录因子.研究结果表明,黄牛FOXA2所调控靶基因主要与生长增殖、细胞分化、糖脂代谢和癌症相关;FOXA2启动子区域的1528～1578 bp处可能为其启动子核心区;转录因子Sp1、GATA1、GATA2、CREB、C/EBPβ、E2F-1和USF2等在启动子核心区附近的转录因子可能对牛FOXA2的表达起到重要作用.