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限制性片段长度多态性(IS6110-RFLP)是结核分枝杆菌(MTB)基因分型的金标准,该方法分辨力高,但操作非常复杂和结果分析困难,因而出现了多种PCR基础的替代方法,如混合接头PCR、间隔区寡聚核苷酸分型(spoligotyping)、随机扩增多态性DNA(RAPD)和数目可变的串联重复序列和结核分枝杆菌散在分布重复单位(VNTR-MIRU)等。但除近来出现的MIRU-VNTR方法外,分辨力均不够强,上述两种或多种PCR方法联合可获得高的分辨力。