【目的】本试验通过对比健康与腹泻仔猪粪样挥发性脂肪酸(Volatile fatty acid,VFA)以及菌群的差异,初步探讨腹泻对仔猪后肠环境的影响。【方法】采集腹泻和健康仔猪粪样,气相色谱测定挥发性脂肪酸浓度;提取粪样总细菌核酸,利用变性梯度凝胶电泳(Denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)和Real-timePCR技术定性、定量分析总细菌和梭菌Ⅳ菌群。【结果】与健康仔猪相比,腹泻仔猪粪样中乙酸含量有升高的趋势,支链脂肪酸(Branched chain fatty acid,BCFA)含量显著降低(p<0.05),总VFA、丙酸和丁酸含量有降低的趋势,但差异均不显著;乙酸占总挥发酸比例显著升高(p<0.05),而丙酸及BCFA占总挥发酸比例则显著降低(p<0.05),丁酸占总挥发酸比例有降低趋势。PCR-DGGE指纹技术分析表明:腹泻发生后,仔猪粪样中总细菌和梭菌Ⅳ菌群在DGGE图谱上并没有特异性的条带消失或出现,但相似性分析显示,腹泻仔猪样品趋于归类于同一簇。Real-time PCR定量分析显示:仔猪腹泻后,粪样中的总细菌和梭菌Ⅳ菌群的数量显著下降(p<0.05);而大肠杆菌和乳酸杆菌的数量变化不显著。【结论】与健康仔猪相比,腹泻仔猪粪样挥发性脂肪酸组成发生改变,并且微生物区系中的一些菌群也发生变化。