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复旦大学附属儿科医院传染感染科是卫生部临床重点学科，同时也一直是儿科医院重点学科，是卫生部唯一具有集医、教、研为一体多学科紧密合作完整保留小儿传染和感染病专业特色的学科，是国家和上海市小儿传染病、感染性疾病的监测和定点医疗单位。目前有独立的传染科病房及门诊大楼，专业床位66张，诊治疾病的种类除传统的传染病外，还涉及到感染性疾病以及儿童肝病。