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南方红豆杉是我国珍稀濒危保护树种，其树体所含的紫杉醇是目前最好的天然抗癌药物之一。与其他针叶树种相比，有关南方红豆杉分子遗传学的研究相对滞后。为给南方红豆杉种群保护和育种研究提供参考依据，文中就南方红豆杉分子标记的开发、种质资源收集与分子评价、遗传多样性和种群保护、紫杉醇合成基因的克隆与功能分析、转录组学等5个方面的研究进展进行了综述，提出了相关分子遗传学研究中存在的问题，并对其研究前景进行了展望。