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食蚊鱼的消化道由口咽腔、食道、肠和肛门组成。口咽腔内有味蕾分布。食道粘膜为复层扁平上皮，粘膜内有粘液细胞。肠可分为前后两段，皱襞高度、肌层厚度有差异。消化腺包括肝脏和胰腺。肝小叶不明显，雌雄肝脏的显微结构不同。胰腺呈弥散型，一部分分布在肝脏内，另一部分和消化道伴生。讨论了食蚊鱼消化系统的特点与食性的关系。