活性小分子与靶蛋白的相互作用是生命中基本的相互作用之一，因而靶蛋白和活性小分子的筛选是生命有机化学及药物化学研究的重要内容．在活性小分子筛选方面，细胞印迹（ｃｙｔｏｂｌｏｔ）、以核磁共振为基础的结构活性关系研究（ＳＡＲ－ｂｙ－ＮＭＲ）及反双杂交（ｒｅｖｅｒｓｅ ｔｗｏ－ｈｙｂｒｉｄ）系统分别是以细胞、靶蛋白及蛋白间的相互作用为靶点的高通量、快速的筛选方法．另外，在由活性小分子鉴定靶蛋白的研究中，三杂交（ｔｈｒｅｅ－ｈｙｂｒｉｄ）系统、功能表达克隆（ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ－ｃｌｏｎｉｎｇ）及药物印迹（ｄｒｕｇ－ｗｅｓｔｅｒｎ）等方法大大加速了靶蛋白的鉴定进程；而展示克隆（ｄｉｓｐｌａｙ ｃｌｏｎｉｎｇ）方法可以直接完成由活性小分子到靶蛋白基因的克隆．结合ＤＮＡ芯片技术，以基因组为基础的筛选方法同时还可以明确小分子参与的一系列生物大分子调控．而小分子印迹（ｓｍａｌｌ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｐｒｉｎｔｉｎｇ）是从组合化学出发适应人类基因组要求的筛选靶蛋白及活性小分子、研究小分子参与调控的方法．概要介绍这几种最新筛选方法，并对中草药现代化进行了初步探讨．