【摘 要】
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ETS转录因子家族在动物中广泛存在,参与细胞分化调控、细胞周期控制、细胞调亡等多个生物学过程.文章采用生物信息学方法系统分析猪ETS家族成员进化关系和调控图谱,结合RNA-S
【机 构】
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东北农业大学动物科学技术学院,哈尔滨 150030东北农业大学生物信息中心,哈尔滨 150030;东北农业大学黑龙江省高校动物遗传育种与繁殖重点实验室,哈尔滨 150030;东北农业大学生物信息中心,
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ETS转录因子家族在动物中广泛存在,参与细胞分化调控、细胞周期控制、细胞调亡等多个生物学过程.文章采用生物信息学方法系统分析猪ETS家族成员进化关系和调控图谱,结合RNA-Seq数据分析其组织表达规律.研究利用Pfam鉴定ETS保守结构域序列检索猪(Sus scrofa)蛋白序列,最终在猪基因组上鉴定得到23个ETS家族基因.分析ETS家族基因、蛋白一级结构和高级结构及亚细胞定位预测.基于最大似然法,构建ETS家族系统发育树发现,可分为11个子家族,子家族成员保守结构域、基因结构、理化性质相似.通过生信分析构建由ETS家族、靶基因和miRNA构成的基因调控网络,筛选出40个“ETS家族基因-miRNA-靶基因”前馈回路.转录表达谱提示ETS家族基因在成年公猪和母猪28种不同类型组织中均有表达,且ETS1基因在免疫组织(淋巴、脾脏)和外周血单核细胞中高表达,SPIC基因在免疫组织(淋巴、脾脏)高表达.研究结果为揭示ETS家族成员生物学功能奠定基础.
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