【摘 要】
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通过分子对接和分子动力学模拟等理论方法研究（E）-2-（乙酰胺亚甲基）琥珀酸（E-2AMS）水解酶与其水解底物E-2AMS的结合方式。MM-PBSA结合自由能计算结果和动力学轨迹的统计分析都表明,
【基金项目】
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国家自然科学基金资助项目（20903045）
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通过分子对接和分子动力学模拟等理论方法研究（E）-2-（乙酰胺亚甲基）琥珀酸（E-2AMS）水解酶与其水解底物E-2AMS的结合方式。MM-PBSA结合自由能计算结果和动力学轨迹的统计分析都表明,在E-2AMS与水解酶形成的复合结构中,底物酰胺键采取反式构型在能量上更有利。在这种结合方式中,水解酶活性位点处的关键残基Arg146、Arg167、Tyr168、Arg179和Tyr259与E-2AMS之间形成7条氢键,在催化反应中起到稳定底物的作用;而残基Ile41和Leu107的主链氨基形成＂氧负离子洞＂,
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