【摘 要】
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自测12条PRV不同毒株的gD全序列连同GeneBank中登录的9条gD基因全序列共21条基因序列,使用生物软件对它们的基因序列的同源性、突变区域的定位、遗传进化关系、酶切位点的差
【基金项目】
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四川省科技厅基础项目(03JY029-40)
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自测12条PRV不同毒株的gD全序列连同GeneBank中登录的9条gD基因全序列共21条基因序列,使用生物软件对它们的基因序列的同源性、突变区域的定位、遗传进化关系、酶切位点的差异、密码子偏爱性,氨基酸序列的同源性、蛋白质亲水性、抗原表位分析、三级结构预测等生物信息学的内容进行预测和分析。结果表明:PRV-gD基因的开放阅读框的核苷酸长度在1 197~1 215 nt之间,氨基酸长度在399~405个之间,核酸同源性在97.3%~100%之间,氨基酸的同源性在89.8%~98.8%之间,在核酸820~837位有个高变重复区,不同毒株基因均对GC极为偏爱。在遗传进化关系上将我国PRV流行分为四川、华北、东南3个区域。毒株间基因内酶切位点、蛋白质亲水性、抗原表位和蛋白质高级结构预测等内容的分析结果十分相似,说明PRV-gD基因具有很高的保守性。
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