Using maximum likelihood method to detect adaptive evolution of HCV envelope protein-coding genes

来源 :中国科学通报：英文版 | 被引量 : 0次 | 上传用户：liutaostdio

【摘要】

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Nonsynonymous 同义的替换率比率(d_N/d_s ) 是为基于编码蛋白质的序列评估选择压力的一项重要措施。与 codon 替换模型一起的最大的可能性(ML ) 方法是为在积极选择和适应进

【作者】

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ZHANG Wenjuan ZHANG Yuan ZHONG

【机构】

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SchoolofLifeSciences,ShanghaiCenterforBioinformationTechnology

【出处】

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中国科学通报：英文版

【发表日期】

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2006年18期

【关键词】

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适应进化阳性选择氨基酸肝炎病毒包膜蛋白 HCV adaptive evolution positive selection amino acid s

【基金项目】

：

Acknowledgements The authors would like to thank the Bioinformatics Working Group in School of Life Sciences at Fudan University, and Masami Hasegawa and Ying Cao in the Institute of Statistical Mathe

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Nonsynonymous 同义的替换率比率(d_N/d_s ) 是为基于编码蛋白质的序列评估选择压力的一项重要措施。与 codon 替换模型一起的最大的可能性(ML ) 方法是为在积极选择和适应进化下面检测氨基酸地点的一个强大的统计工具。我们分析了丙肝病毒(HCV ) 从世界范围的 18 一般 geno/sub-types 包编码蛋白质的序列，并且在积极选择下面发现 4 氨基酸地点。因为这些地点位于不同有免疫力的 epitopes，预计我们的学习将在简历药有潜在的价值是合理的。它也建议 ML 方法是与相

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