【目的】本研究旨在采用不同的PCR引物对广东省恩平市金山温泉的高温水底沉积物微生物多样性进行初步的分析。【方法】采用改进的玻璃珠法抽提温泉沉积物中环境基因组DNA,通过对用4对引物分别扩增得到的原核微生物16SrRNA基因和真核微生物ITS序列的分析,将所得到的数据与国际基因数据库GenBank进行相似性比较并构建系统发育树。【结果】研究发现原核类群G的14个优势克隆中7个都属于蛭弧菌属(Bdellovibrio)。与它们最相似的序列是从海洋中分离到的两个菌株Bacteriovorax sp.NE1(EF092445)和Bdellovibrio sp.JS5(AF084859),相似性分别为96%和99%。原核类群X的4个序列主要属于蓝细菌类群,其中JS-X2与在美国黄石公园温泉发现的Uncultured Cyanobacterium(L35331)有95%的相似性,并且与已经全基因组测序的嗜热蓝细菌聚球藻Thermosynechococcus elongatusBP-1(47118315)有89%的相似性。真核类群Z有三个类群,分别是Penicillium sp.,Lodderomyces sp.和Gloeotinia sp.。其中大部分序列与青霉属相似性在88%~90%之间。【结论】所得到的结果显示金山温泉中的微生物多样性十分丰富。