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精子染色质结构分析（SCSA）利用吖啶橙的异染性与专用计算机界面的流式细胞仪相结合，快速识别带有不正常染色质结构的精子。SCA参数在预测体外受精（IVF）卵胞浆内精子注射（ICSI）等辅助生殖技术的成败，比较密度梯度离心法，上游法，玻璃毛过滤及冷冻保存对精子DNA完整性的影响以及癌症患者治疗前后，后生殖功能的评价方面发挥重要作用。