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为分析不同来源广金钱草的遗传关系,本研究利用SLAF-seq技术对来自广东、广西、海南的20份广金钱草样品进行测序,共获得SLAF标签322 360个,鉴定到72 395个多态性SLAF标签.进行过滤后开发得到SNP多态标记220 704个,分析得到94 505个高一致性的群体SNP.通过对20份不同来源的广金钱草个体完成系统进化树、群体结构分析,结果表明,20份广金钱草来源于同一祖先,但由于地理隔离的影响使得个体间发生了遗传分化.通过系统进化树分析发现分布在广东、广西及海南琼中、屯昌的广金钱草具有较近的亲缘关系.研究结果为种质保护和遗传改良提供参考.