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为了解决传统分层合并聚类算法可能产生不唯一的二叉树结果问题，提出了分层子树合并聚类算法，其基本思想是通过在数据集的最小树中分析θ-极大紧邻子树然后合并它的顶点集，该算法每步可将多个对象聚类，计算结果用多叉树表示。在理论上证明了该树在不计分支次序时是唯一的，并且通过计算实验说明，在样本中存在较多距离彼此相等的点对时，该树所描述的聚类结果要明显比传统分层合并聚类算法用二叉树描述的聚类结果更为合理。