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新疆农村合作医疗始于五十年代末期，至1978年底，全区已有97％的行政村实行了合作医疗，给当时缺医少药的广大农牧民解决了很大问题。至90年代初，新疆农村经济体制发生了较大的变化，合作医疗进入低谷，但仍有20％左右的行政村在顽强坚持实行合作医疗。到1999年底，全区开展合作医疗的乡镇达到354个，占全区乡镇总数的42．75％；开展合作医疗的行政村4021个，