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采取拮抗实验、酯酶同工酶、基因组进行多态性分析（RAPD）、内部转录间隔区序列（ITS）对来源不同的特大凤尾菇（Pleurotus sajor-caju）、夏秀990（Pleurotus geesteranus）和黑平A3三个侧耳品种的亲缘关系进行了对比分析。实验结果表明：供试的3个侧耳品种从形态学水平、蛋白质水平和分子水平上看,其品种间亲缘关系界定具有一致性。表现为特大凤尾菇与夏秀990的亲缘关系较近,与黑平A3的亲缘关系较远,夏秀990与黑平A3亲缘关系较远。本研究从不同的水平,为食用菌菌种属间亲缘关