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一种确定DNA结合蛋白在DNA分子上的结合位点的方法。其原理是：将含有特定顺式元件的双链DNA片段进行单链单末端标记，与初步纯化的DNA结合蛋白在体外行结合作用，然后加入DNase I对DNA一蛋白质复合物进行随机切割，产生一系列不同长度的DNA片段，其相邻片段只相差一个核苷酸。DNA结合蛋白与其特异序列结合后，由于空间位阻等多种效应，DNase I不能对其进行切割，