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新发、再发病毒性传染病不断出现,如何快速鉴别致病病原显得尤其重要。近年来,不依赖传统培养技术的病毒宏基因组学在临床医学的运用越来越广泛。大量成功诊断的临床病例和新病毒的发现为病毒宏基因组在传染病的预防和公共卫生防控方面开拓了新的领域。本文主要对近10年来病毒宏基因组的兴起、优势及策略、在临床检测及公共卫生领域的应用进展作一综述。