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DNA序列的碱基间隔距离分析方法可以对完全基因组序列进行较好地分析，但是对短基因序列分析的效果不佳。因此，在碱基间隔距离的基础上，提出了一种改进的DNA序列碱基间隔距离模型，并结合欧式距离，构建了70种多瘤病毒基因组的系统发育树。通过将所得系统发育树的拓扑结构与已有文献中的结果进行对比与分析，发现所获得的结果同传统方法计算的结果基本一致，验证了所提方法的有效性。