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尽管肠道内真菌数量仅占肠道微生态的很小一部分，但可能参与或促进炎症性肠病（IBD）的发病。由于IBD患者的免疫功能失衡，药物使用（如免疫抑制剂、生物制剂等）可能使机体抵抗力下降，易导致真菌感染。深部真菌感染死亡率较高。肠道真菌感染易被误认是IBD疾病活动，不易获得早期诊断和治疗。一旦怀疑真菌感染，可综合真菌学和真菌遗传学信息、真菌抗原和血清抗体检测以及影像学等进行诊断，并进行相应的治疗。