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通过发掘大豆资源中抗灰斑病1号生理小种的优异等位变异和载体材料,为开展抗灰斑病品种分子设计育种提供理论基础.以205份大豆资源构建的自然群体为试验材料,对其进行灰斑病1号生理小种的抗性鉴定;利用117对SSR标记进行全基因组扫描,分析群体的遗传多样性和群体结构,应用GLM和MLM程序对标记与大豆灰斑病抗性开展关联分析.结果表明:205份大豆资源对灰斑病1号生理小种抗性遗传变异系数为20.90％;2个模型共检测到与灰斑病1号生理小种抗性关联的位点7个,表型变异解释率在7.58％～16.06％;发掘到增效等位变异36个,其中效应值较大的等位变异为Satt244-230(26.16)、Satt142-154(21.94)和Satt244-186(20.19),携带上述3个等位变异的载体材料均为野生资源,3个典型材料分别为12C8646、12C8670和12C6175;育成品种中具有最大增效值的等位变异为Satt142-189(8.94),有7个品种携带该等位片段,均为黑龙江品种,典型载体材料为东农43.上述信息可用于分子标记辅助选择育种和抗源筛选.