目的探讨难治功能性消化不良经氟哌噻吨美利曲辛与氟西汀短期联合治疗的临床疗效。方法随机选择2013年1月至2014年12月难治功能性消化不良患者90例,依据治疗方案分为两组,每组45例,两组患者均接受常规治疗。对照组给予氟哌噻吨美利曲辛治疗,观察组给予氟哌噻吨美利曲辛与氟西汀短期联合治疗,比较两组患者的治疗效果,分析治疗前后消化道症状积分、心理量表评分变化。结果观察组总有效率(97.78%)高于对照组(80.00%),差异有统计学意义(P<0.05)。治疗后观察组消化道症状积分(3.4±1.4)分低于对照组(5.8±1.6)分,差异有统计学意义(P<0.05)。治疗后观察组汉密顿抑郁量表(HAMD)、汉密尔顿焦虑量表(HAMA)评分改善效果优于对照组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论难治功能性消化不良患者经氟哌噻吨美利曲辛与氟西汀短期联合治疗,可以有效改善患者病情,且疗效持久、确切,值得临床推广应用。