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建立现代事业单位法人制度的关键是建立和完善事业单位法人治理结构。长期以来，作为党政机关附属物的事业单位，在法人治理结构方面存在着决策技能不健全等多方面的问题，并且始终没有在真正意义上建立一个法人治理结构，严重制约和影响了事业单位的发展。随着我国经济体制改革与行政体制改革的深化，改革事业单位的管理体制、运行机制变得尤为重要，这就有必要建立科学的法人治理结构，对事业单位实行有效的管理，从而适应时代发展的迫切要求。
一、事业单位法人治理结构所存在的问题
目前，我国事业单位法人治理结构主要存在以下几个方面的问题。第一，法人权力落实不到位。事业单位法人决策权不完整的最重要体现是政事不分、管办不分。尽管全国实行了统一的建立在审批制度基础上的一种补充登记制度即事业单位法人登记制。但这种登记只是对批准设立机关的审批事项的形式确认，无法从实质上对事业单位法人主体进行审查。事业单位在一些基本权利体外循环，在人、财、物等方面没有真正享有完全独立的决策权，也没有建立法人治理结构的条件和积极性。第二，立法相对滞后。事业单位法人制度不仅建设的实践时间较短，而且在法律法规方面也很不完善。存在着立法内容简略，甚至缺失等弊病，例如法人设立条件过于简略模糊，事业单位法人定性范围不准确，没有法人治理结构的具体规定，没有法人破产的规定等等。另外，立法层次较低，还没有一部专门的法律来规范事业单位法人制度。绝大多数关于事业单位法人制度的规定都集中在《事业单位登记管理条例》中。第三，绩效考核制度缺乏。事业单位绩效考核制度基本上形同虚设，财政部门从不过问绩效如何，只要单位存在就只管拨钱，这使得许多事业单位缺乏创新精神和进取心，习惯于按部就班的守摊子。而对于单位内部而言，严格实行行政化的首长负责制，导致员工责任心不强。另外，没有完善的奖励激励机制，这些都对治理思想的萌生和发展有着不利的影响。第四，监督体制机制不健全。事业单位的监督体系存在着内部监督机制失灵外部监督机制无效的局面。由于内部决策层和执行层没有分离且高度重合，使得内部监督机制基本失灵。而外部监督机制又比较宏观，且大多数以事后监督为主，缺乏过程监督，无法形成有效监督。规模较小的事业单位没有设立监督机构。规模较大的事业单位虽设有行政监察和党的纪检机构，有些还设有审计机构，但由于纪检监察机构与本部门党组织领导是领导与被领导关系，地位较低，无法履行监督职责，而内容侧重于纪律监督的这种监督对专业性较强的决策、财务管理、业务执行等监督，根本无能为力。
二、事业单位法人治理结构的模式选择
1.建立以理事会为核心的法人治理结构模式。我国现有的事业单位所有制结构较为单一，无须明确股权结构，并且绝大部分是以国家投资举办的。这些事业单位应建立以理事会为架构的法人治理结构。这种结构模式主要适用于由国家投资举办的公益一类和大部分公益二类，以及少部分公益三类的投资主体单一的事业单位（事业单位由政府相关部门联合组织举办的，可视为同一投资主体举办）。
2.建立以董事会为核心的法人治理结构模式。这种模式主要适用于由两个或两个以上投资主体举办的公益二类（少部分）和公益三类的由社会力量参与举办、投资主体多元的事业单位，并且基于理论、法律、实践三层面的考虑，可以采用以董事会为架构的治理结构模式。（1）从理论层面看，事业单位的投资者不存在利润分配的问题，但投资者的利益与事业单位的发展密切相关，同时不同的出资额对应着不同的责任，而投资者应承担相应的责任，所以股权结构对于投资多元的事业单位仍不能忽略其存在。（2）从法律层面看，《民办教育促进法》第十九条规定，“民办学校应当设立学校理事会、董事会或者其他形式的决策机构”，这就从法律上明确规定了民办的教育机构可以设立董事会形式的决策机构。（3）从实践层面看，目前我国部分改制医院和事业单位一般都建立了董事会作为决策机构，而且国外的不少公益机构如德国模式也都采用董事会为架构的法人治理结构模式。
三、建立事业单位法人治理结构的途径和条件
1.推进政事分开。建立规范的事业单位法人治理结构，必须要使事业单位转变成相对独立的法人，具体主要通过理顺事业单位和政府的相互关系，实现政事分开、管办分离。
2.理顺委托一代理关系。由于目前的事业单位主要以国家投资举办为主，普遍存在委托人缺席的现象，针对这种情况可以采用由举办单位负责组建代表政府意愿的委托人即理事会，再由理事会提名，聘任或任命产生代理人即行政负责人，通过建立有效的治理机制和相应的治理规则，逐渐从深层次理顺委托与代理的相互关系。
3.深化事业单位人事、分配制度改革并健全社会保障制度。首先，深化改革人事制度，主要以转换用人机制、搞活用人制度为关键，这就要使所建立起来的人事管理制度不仅充满生机与活力而且要符合各类事业单位的特点，且其内容要以推行岗位管理制度和聘用制度为主。其次，改革分配制度，以有效激励为重点，结合不同类型事业单位的特点，建立符合不同特点的事业单位的薪酬制度以体现分级分类管理和岗位绩效。再其次，建立全面的社会保障制度，以提高保障力度、扩大覆盖面为重点，积极促进事业单位的社会保障制度改革。
4.正确处理党的领导与法人治理的关系。建立事业单位法人治理结构，可以通过以下两个方面加强党的领导：一是思想政治上的保证。二是组织领导上的保证。
5.健全和完善对事业单位的监督管理机制。事业单位按行为规则和服务标准提供公益服务是政府和有关部门对事业单位的监督管理的重要保证。同时，建立事业单位法人治理结构，必须与建立有效的外部监管机制相同步。
四、建立和完善事业单位法人治理结构过程
建立和完善事业单位法人治理结构不可能一蹴而就，而是一个长期而艰巨的任务，因为需要来自各方面的专业知识，涉猎面的范围广阔，政策性强，改革任务尤为复杂，并受到多方面的制约和影响，而改革的长期性主要取决于三个方面：一是相关改革的长期性。分类推进事业单位改革的任务持续了将近十年之久，而建立和完善事业单位法人治理结构是分类推进事业单位改革的一项重要内容，与管办分离、政事分开、转变政府职能等其他改革紧密相关并相互影响，改革进程应统筹协调、逐步推进。二是观念认同的长期性。在中国传统文化中对管理、管制等观念早已根深蒂固，对下级服从上级命令式的要求早已司空见惯，但对于共同治理、民主协商的意识还很薄弱，同时政府的主管部门往往将事业单位视同“自己人”，在对其直接管理和控制方面大多数有瑕疵和漏洞，有时对所暴露出的问题甚至视而不见。这些长期以来形成的观念只有经过不断的引导才能逐渐改变。三是制度建设的长期性。建立和完善事业单位法人治理结构，不仅需要制定和出台一系列新的制度措施，而且还要对现行的一些政策再完善和利益格局的再调整，这些也需要一个长期的过程。
建立和完善事业单位法人治理结构工作需要着力做好：一是抓好理论研究。法人治理结构的相关理论起源于西方，在法学、管理学、经济学等领域都产生了深远且重要的影响。西方发达国家的公益机构如医院、公立学校、科研院等普遍建立了法人治理结构，积累了多方面的有益经验。而我国法人治理结构的相关理论大多集中在社团法人治理结构和公司治理结构等方面并且引入只有十多年的时间，事业单位的法人治理结构仍处于萌芽阶段对我们而言是一项全新的尝试。因此我们更要深入研究和总结国外公益机构法人治理的成功经验，加强对法人治理结构的理论研究，尤其是对操作层面、法律层面的制度和规则的探索，来弥补我国法人治理结构的相关理论，为事业单位法人治理结构建设提供坚实的理论支撑和宝贵的借鉴依据。二是塑造法人治理的社会文化。发展基层民主、保障人民享有更多切实的民主权利的重要举措在于建立和完善事业单位法人治理结构。只有形成良好的治理文化，才能充分调动广大人民群众参与管理公益事业的积极性，切实发挥代表各方面利益的理事在事业单位决策中的作用。三是培育热爱岗位，热心公益，尽职尽责的理事队伍。事业单位法人治理结构作用的有效发挥与培育高素质的理事息息相关。在中国，从事大大小小事务的事业单位有几十万个之多，若其中的一小部分建立理事会，所需的理事数量也将以百万计。因此要想建立和完善事业单位法人治理结构，培育和发展一支庞大的、高素质的理事队伍是必然要求。为此我们更应加大宣传，使社会各界不仅充分认识建立和完善事业单位法人治理结构的重大意义，而且了解担任事业单位理事的崇高荣誉和神圣责任。同时要确保理事的代表性和公信力，通过深入研究担任事业单位理事的资格条件，探索和规范事业单位理事的产生途径等措施加以实现。
一、事业单位法人治理结构所存在的问题
目前，我国事业单位法人治理结构主要存在以下几个方面的问题。第一，法人权力落实不到位。事业单位法人决策权不完整的最重要体现是政事不分、管办不分。尽管全国实行了统一的建立在审批制度基础上的一种补充登记制度即事业单位法人登记制。但这种登记只是对批准设立机关的审批事项的形式确认，无法从实质上对事业单位法人主体进行审查。事业单位在一些基本权利体外循环，在人、财、物等方面没有真正享有完全独立的决策权，也没有建立法人治理结构的条件和积极性。第二，立法相对滞后。事业单位法人制度不仅建设的实践时间较短，而且在法律法规方面也很不完善。存在着立法内容简略，甚至缺失等弊病，例如法人设立条件过于简略模糊，事业单位法人定性范围不准确，没有法人治理结构的具体规定，没有法人破产的规定等等。另外，立法层次较低，还没有一部专门的法律来规范事业单位法人制度。绝大多数关于事业单位法人制度的规定都集中在《事业单位登记管理条例》中。第三，绩效考核制度缺乏。事业单位绩效考核制度基本上形同虚设，财政部门从不过问绩效如何，只要单位存在就只管拨钱，这使得许多事业单位缺乏创新精神和进取心，习惯于按部就班的守摊子。而对于单位内部而言，严格实行行政化的首长负责制，导致员工责任心不强。另外，没有完善的奖励激励机制，这些都对治理思想的萌生和发展有着不利的影响。第四，监督体制机制不健全。事业单位的监督体系存在着内部监督机制失灵外部监督机制无效的局面。由于内部决策层和执行层没有分离且高度重合，使得内部监督机制基本失灵。而外部监督机制又比较宏观，且大多数以事后监督为主，缺乏过程监督，无法形成有效监督。规模较小的事业单位没有设立监督机构。规模较大的事业单位虽设有行政监察和党的纪检机构，有些还设有审计机构，但由于纪检监察机构与本部门党组织领导是领导与被领导关系，地位较低，无法履行监督职责，而内容侧重于纪律监督的这种监督对专业性较强的决策、财务管理、业务执行等监督，根本无能为力。
二、事业单位法人治理结构的模式选择
1.建立以理事会为核心的法人治理结构模式。我国现有的事业单位所有制结构较为单一，无须明确股权结构，并且绝大部分是以国家投资举办的。这些事业单位应建立以理事会为架构的法人治理结构。这种结构模式主要适用于由国家投资举办的公益一类和大部分公益二类，以及少部分公益三类的投资主体单一的事业单位（事业单位由政府相关部门联合组织举办的，可视为同一投资主体举办）。
2.建立以董事会为核心的法人治理结构模式。这种模式主要适用于由两个或两个以上投资主体举办的公益二类（少部分）和公益三类的由社会力量参与举办、投资主体多元的事业单位，并且基于理论、法律、实践三层面的考虑，可以采用以董事会为架构的治理结构模式。（1）从理论层面看，事业单位的投资者不存在利润分配的问题，但投资者的利益与事业单位的发展密切相关，同时不同的出资额对应着不同的责任，而投资者应承担相应的责任，所以股权结构对于投资多元的事业单位仍不能忽略其存在。（2）从法律层面看，《民办教育促进法》第十九条规定，“民办学校应当设立学校理事会、董事会或者其他形式的决策机构”，这就从法律上明确规定了民办的教育机构可以设立董事会形式的决策机构。（3）从实践层面看，目前我国部分改制医院和事业单位一般都建立了董事会作为决策机构，而且国外的不少公益机构如德国模式也都采用董事会为架构的法人治理结构模式。
三、建立事业单位法人治理结构的途径和条件
1.推进政事分开。建立规范的事业单位法人治理结构，必须要使事业单位转变成相对独立的法人，具体主要通过理顺事业单位和政府的相互关系，实现政事分开、管办分离。
2.理顺委托一代理关系。由于目前的事业单位主要以国家投资举办为主，普遍存在委托人缺席的现象，针对这种情况可以采用由举办单位负责组建代表政府意愿的委托人即理事会，再由理事会提名，聘任或任命产生代理人即行政负责人，通过建立有效的治理机制和相应的治理规则，逐渐从深层次理顺委托与代理的相互关系。
3.深化事业单位人事、分配制度改革并健全社会保障制度。首先，深化改革人事制度，主要以转换用人机制、搞活用人制度为关键，这就要使所建立起来的人事管理制度不仅充满生机与活力而且要符合各类事业单位的特点，且其内容要以推行岗位管理制度和聘用制度为主。其次，改革分配制度，以有效激励为重点，结合不同类型事业单位的特点，建立符合不同特点的事业单位的薪酬制度以体现分级分类管理和岗位绩效。再其次，建立全面的社会保障制度，以提高保障力度、扩大覆盖面为重点，积极促进事业单位的社会保障制度改革。
4.正确处理党的领导与法人治理的关系。建立事业单位法人治理结构，可以通过以下两个方面加强党的领导：一是思想政治上的保证。二是组织领导上的保证。
5.健全和完善对事业单位的监督管理机制。事业单位按行为规则和服务标准提供公益服务是政府和有关部门对事业单位的监督管理的重要保证。同时，建立事业单位法人治理结构，必须与建立有效的外部监管机制相同步。
四、建立和完善事业单位法人治理结构过程
建立和完善事业单位法人治理结构不可能一蹴而就，而是一个长期而艰巨的任务，因为需要来自各方面的专业知识，涉猎面的范围广阔，政策性强，改革任务尤为复杂，并受到多方面的制约和影响，而改革的长期性主要取决于三个方面：一是相关改革的长期性。分类推进事业单位改革的任务持续了将近十年之久，而建立和完善事业单位法人治理结构是分类推进事业单位改革的一项重要内容，与管办分离、政事分开、转变政府职能等其他改革紧密相关并相互影响，改革进程应统筹协调、逐步推进。二是观念认同的长期性。在中国传统文化中对管理、管制等观念早已根深蒂固，对下级服从上级命令式的要求早已司空见惯，但对于共同治理、民主协商的意识还很薄弱，同时政府的主管部门往往将事业单位视同“自己人”，在对其直接管理和控制方面大多数有瑕疵和漏洞，有时对所暴露出的问题甚至视而不见。这些长期以来形成的观念只有经过不断的引导才能逐渐改变。三是制度建设的长期性。建立和完善事业单位法人治理结构，不仅需要制定和出台一系列新的制度措施，而且还要对现行的一些政策再完善和利益格局的再调整，这些也需要一个长期的过程。
建立和完善事业单位法人治理结构工作需要着力做好：一是抓好理论研究。法人治理结构的相关理论起源于西方，在法学、管理学、经济学等领域都产生了深远且重要的影响。西方发达国家的公益机构如医院、公立学校、科研院等普遍建立了法人治理结构，积累了多方面的有益经验。而我国法人治理结构的相关理论大多集中在社团法人治理结构和公司治理结构等方面并且引入只有十多年的时间，事业单位的法人治理结构仍处于萌芽阶段对我们而言是一项全新的尝试。因此我们更要深入研究和总结国外公益机构法人治理的成功经验，加强对法人治理结构的理论研究，尤其是对操作层面、法律层面的制度和规则的探索，来弥补我国法人治理结构的相关理论，为事业单位法人治理结构建设提供坚实的理论支撑和宝贵的借鉴依据。二是塑造法人治理的社会文化。发展基层民主、保障人民享有更多切实的民主权利的重要举措在于建立和完善事业单位法人治理结构。只有形成良好的治理文化，才能充分调动广大人民群众参与管理公益事业的积极性，切实发挥代表各方面利益的理事在事业单位决策中的作用。三是培育热爱岗位，热心公益，尽职尽责的理事队伍。事业单位法人治理结构作用的有效发挥与培育高素质的理事息息相关。在中国，从事大大小小事务的事业单位有几十万个之多，若其中的一小部分建立理事会，所需的理事数量也将以百万计。因此要想建立和完善事业单位法人治理结构，培育和发展一支庞大的、高素质的理事队伍是必然要求。为此我们更应加大宣传，使社会各界不仅充分认识建立和完善事业单位法人治理结构的重大意义，而且了解担任事业单位理事的崇高荣誉和神圣责任。同时要确保理事的代表性和公信力，通过深入研究担任事业单位理事的资格条件，探索和规范事业单位理事的产生途径等措施加以实现。