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在整个蛋白质家族中膜蛋白的结构和功能的特殊性，使得跨膜蛋白拓扑结构预测已成为生物信息学的研究热点之一。而在用生物信息学方法对膜蛋白结构功能进行研究的过程中，一种优秀的跨膜区计算方法直接影响到数据库的准确性和完整性，因此，文章对比了几个现有的膜蛋白数据库，并选择其中较为优秀的数据库PDB_TM，对它和相关算法及其应用前景进行了比较详细的阐述，这不仅为我们自己构建跨膜区预测方法提供了很好的启迪，而且对我们构建生物信息资源数据库提供很好的指导思想。