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莺歌海盆地上第三系至更新统可划分出14个层序。不同层序中广泛发育的侵蚀充填代表了两种背景下的低水位沉积。陆坡形成之前,在盆地中央发育浅水背景下大型河流-三角洲沉积体系;陆架陆坡形成演化期,在盆地中央或沿陆坡发育了深水背景下盆底扇和低水位三角洲沉积体系。它们各自具有独特的地震反射特征和沉积体系组合。深水背景低水位沉积体系具有与一般模式相同的生储盖组合特征。浅水背景低水位沉积体系,物源方向与一般模式不同,来自盆地长轴方向,是一种新的低水位沉积模式。莺歌海盆地的低水位沉积具有良好的生储盖组合条件,将是重要的勘探