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以大黄鱼(Larimichthys crocea)为材料,对荧光标记微卫星(fSSR)分析体系进行了优化,建立了适合大黄鱼fSSR分析的最佳条件。与常规的银染法相比,该方法成本略高,但其分辨率高,可重复性强,检测效率为银染法的6～10倍。利用优化的fSSR技术进行了大黄鱼亲子鉴定的研究,结果显示在使用6对引物的情况下,大黄鱼两个群的亲子鉴定率超过99%。