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为了研究减施化肥配施不同有机肥对稻麦轮作体系稻季土壤细菌群落结构的影响,采用Illumina高通量测序技术比较了单施化肥及减施化肥配施菜籽饼肥和蚯蚓粪肥3种施肥模式下稻季不同土层土壤环境因子、细菌群落结构变化特征.结果表明:与单施化肥相比,减施化肥配施有机肥显著提高各土层土壤有机质含量和电导率,其中配施菜籽饼肥土壤增幅较大;显著增加各土层土壤氮、磷、钾养分含量,其中配施蚯蚓粪肥土壤速效氮、磷、钾养分含量较高.减施化肥配施有机肥提高土壤细菌Sobs指数和Shannon指数;前三位优势菌门,变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)相对丰度分别达36.24％、18.30％、13.87％;减施化肥配施有机肥对相对丰度小于1％ 的菌门影响较大.0～5 cm土层土壤细菌群落结构主要受土壤pH和全磷影响;5～10 cm土层土壤细菌群落结构主要受土壤电导率、全磷和pH影响;10～15 cm土层土壤细菌群落结构主要受土壤全氮和pH影响.因此,减施化肥配施有机肥主要通过改变土壤理化性质进而影响土壤细菌群落结构,特别是稀有菌群.