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目的了解2012年至2016年云南食源性腹泻发病及其主要致病菌感染状况，分析其影响因素．方法收集云南省2012年至2016年11家医院监测到的1743例食源性腹泻病例数据，采集其生物样本并检验，分析其主要致病菌和影响因素．结果1743例食源性腹泻病例中检出阳性菌株的样本65份，阳性率为3.73%（65/1743）；引起食源性腹泻的主要致病菌是沙门菌和志贺菌，主要可疑食品是肉类及其制品和水果类及其制品．职业、加工方式和临床诊断是本研究中发现的影响云南省食源性腹泻病例主要致病微生物检出率的主要因素（＜0.05