【摘 要】
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为了研究猪源牛病毒性腹泻病毒(BVDV)SD0803株3′非编码区(3′-UTR)的结构及其在病毒复制与转录中的作用,采用病毒RNA 3′末端加Poly(A)尾的方法与3′RACE技术对SD0803株3′
【机 构】
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中国农业科学院上海兽医研究所; 西昌学院动物科学学院; 四川农业大学动物医学院;
【基金项目】
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中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金项目(2010JB15)
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为了研究猪源牛病毒性腹泻病毒(BVDV)SD0803株3′非编码区(3′-UTR)的结构及其在病毒复制与转录中的作用,采用病毒RNA 3′末端加Poly(A)尾的方法与3′RACE技术对SD0803株3′末端序列进行了扩增、克隆与测序,并应用Clustal W、CLC RNA Workbench 4软件对3′-UTR一级与二级结构进行分析。结果表明,SD0803株3′-UTR由186nt组成,与ZM-95、NADL、SD-1株核苷酸同源性分别为85.4%、53.8%、57.5%;SD0803与其他BVDV株一样,其一级结构均存在1个高变区与1个相对保守区;在高变区缺失约40nt;在RNA 3′末端二级结构方面,SD0803株与ZM-95株均具有3个茎-环结构,而与具有4个茎-环结构的牛源BVDV差异较大。
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