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目的：探讨复方消化酶与伊托必利联合方案治疗功能性消化不良的临床疗效。方法：选取2012年12月～2013年12月于本院治疗的功能性消化不良患者147例为研究对象，将其随机分为2组，对照组71例给予伊托必利，观察组76例给予复方消化酶与伊托必利联合。然后对2组患者的临床疗效及不良反应进行统计分析。结果：症状评分：2组治疗后与治疗前比，观察组治疗后与对照组治疗后比，均P＜0．05，存在统计学差异。临床疗效：观察组总有率为88．2％，对照组总有率为76．1％，2组进行对比，P＜0．05，存在统计学差异；不良反应发生率：观察组为9．2％；对照组为9．9％，2组进行对比，P＞0．05，无统计学差异。结论：复方消化酶与伊托必利联合方案治疗功能性消化不良更加安全有效，值得在临床广泛推广。