【摘 要】
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目的验证纳米孔测序技术在呼吸道病原体应急检测中的可行性。方法对某上呼吸道感染患者的咽拭子标本进行总核酸抽提并定量,接着进行cDNA的逆转录合成和测序文库构建,在便携式
【机 构】
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东部战区疾病预防控制中心疾病预防控制所; 中国人民解放军疾病预防控制中心传染病控制中心;
【基金项目】
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国家自然科学基金（31701158）;国家科技重大专项（2018ZX10713003）;军队后勤重大项目（AWS16J020）;军队后勤科研项目（CLB19J027）
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目的验证纳米孔测序技术在呼吸道病原体应急检测中的可行性。方法对某上呼吸道感染患者的咽拭子标本进行总核酸抽提并定量,接着进行cDNA的逆转录合成和测序文库构建,在便携式三代测序仪MinION上进行测序,然后对测序数据进行病原分类学分析,最后使用实时荧光定量PCR验证测序结果。结果 MinION在15 h内共计产生188 063条有效序列。测序数据分析表明,在咽拭子样本中同时检测到人呼吸道腺病毒7型和甲型流感病毒H3N2亚型,分别有19和4条序列匹配到参考基因组。测序开始9 h内,MinION已分别产出78.95%的7型腺病毒序列和100%的H3N2序列。从取样到初步获得鉴定结果,流转时间为18.6 h。实时荧光定量PCR与测序结果一致。结论 MinION用于呼吸道病原体的快速检测具有可行性,且具备同时检测多种病原体并对病原分型的能力,在暴发疫情和呼吸道病毒应急检测方面具有应用价值。
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