【摘 要】
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目的 对2010年云南省昆明市1例手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)并发脑炎患儿的粪便中分离到的1株柯萨奇病毒A组9型(coxsackievirus A9,CV-A9)毒株的全基因组序列
【机 构】
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中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,云南昆明650118
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目的 对2010年云南省昆明市1例手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)并发脑炎患儿的粪便中分离到的1株柯萨奇病毒A组9型(coxsackievirus A9,CV-A9)毒株的全基因组序列和遗传特性进行分析.方法 利用人类横纹肌肉瘤(human rhabdomyosarcoma,RD)细胞对该粪便标本进行病毒分离,提取病毒RNA,采用反转录聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)分段扩增病毒的全基因组序列,利用MEGA 6.06、Geneious 9.0.2和SimPlot 3.5.1等软件对该毒株的全基因序列进行分析.结果 获得1株CV-A9分离株(A744/YN/CHN/2010,简称A744),其全基因组序列长为7319 bp.该毒株与CV-A9重组株(A108/YN/CHN/2009)核苷酸一致性和氨基酸同源性最高,分别为97.4％和99.0％,可能发生重组事件.结论 A744分离株为CV-A9,与中国其他CV-A9分离株同属D2基因亚型.
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