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《科学基础方法论》有一个比较长的副标题＂自然科学与人文、社会科学方法论比较研究＂,显示出他们是在做不同学科的跨界性的研究,并且将自然科学、社会科学、人文科学方法论综合起来,力图在把握人类科学的基本认识特征的基础上,揭示科学的基本方法和基本方法论属性（即书中所说的基础方法论）,这为应对国内在方法论方面的研究困境做出了重要贡献。