目的 了解山西省东南部地区伯氏疏螺旋体、问号钩端螺旋体、莫氏立克次体、嗜吞噬细胞无形体、恙虫病东方体及土拉弗朗西斯菌6种病原体在啮齿动物中的流行状况，为当地自然疫源性疾病防控提供科学依据。方法于2020年7月和2021年5月，在山西省东南部地区选择7个采样点，采用夹夜法捕获啮齿动物，无菌收集其脾脏和肾脏组织，采用荧光定量PCR法进行6种病原体的检测。χ~2检验或Fisher确切概率法比较不同鼠种、性别、组织及生境的病原体检出率差异。结果 捕获小家鼠、黑线姬鼠、北社鼠、苛岚绒鼠、中华姬鼠、黄胸鼠、大仓鼠和大林姬鼠8种鼠类共248只。除大林姬鼠外，其余7种鼠类检出伯氏疏螺旋体、问号钩端螺旋体、嗜吞噬细胞无形体和恙虫病东方体4种病原体，检出率分别为21.77%（54/248）、5.24%（13/248）、1.21%（3/248）和0.40%（1/248），不同病原体检出率差异有统计学意义（χ~2=200.097,P<0.001）。莫氏立克次体和土拉弗朗西斯菌未检出。伯氏疏螺旋体在林区检出率最高，主要在北社鼠和黑线姬鼠中检出，不同生境间的检出率差异有统计学意义（χ~2=17.906,P<0.001），其肾脏组织检出率明显高于脾脏组织（χ~2=5.310,P=0.021）；问号钩端螺旋体在村庄检出率最高，但不同生境间的检出率差异无统计学意义（Fisher确切概率法，P=0.971），主要在黄胸鼠中检出，在脾脏和肾脏组织中检出率差异无统计学意义（χ~2=0.773,P=0.379）。此外，发现11只啮齿动物存在2种病原体混合感染情况。结论 伯氏疏螺旋体和问号钩端螺旋体是山西省东南部地区啮齿动物中流行的主要病原体，存在人类致病风险，相关部门应加以重视。