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线粒体DNA和Y染色体是哺乳动物母系起源和父系起源的重要分子遗传标记。哺乳动物线粒体DNA在母系起源中的研究主要集中在Cytb基因、D—Loop区、12SrRNA和16SrRNA，而利用线粒体DNA全序列进行起源进化的研究则相对较少。Y染色体在父系起源中的研究主要围绕在Y染色体多态性研究、Y染色体微卫星研究、Y染色体基因拷贝数3各方面。本文就近年来线粒体DNA和Y染色体在母系起源、父系起源中的研究现状进行综述，为哺乳动物起源进化的研究提供理论依据。