由暹罗炭疽菌（Colletotrichum siamense）引起的油茶炭疽病严重限制着云南省油茶产业的发展。为分析植物响应暹罗炭疽菌的侵染过程，本研究建立了暹罗炭疽菌——拟南芥的互作体系，并在接种3 d、5d和7 d后进行转录组测序，筛选到差异表达基因是9 644个、11 583个和12 050个。差异表达基因分析及荧光定量PCR（qRT-PCR）结果显示，与茉莉酸/乙烯信号通路相关基因大部分呈上调表达，与水杨酸通路相关基因部分上调表达，与纤维素合成酶相关的基因则主要呈下调表达，与拟南芥激素信号转导途径及抗性反应相关的转录因子家族也被诱导表达。差异表达基因的KEGG功能注释结果表明，上调表达基因主要被注释到能量代谢、信号转导和环境适应三个主要通路中，下调表达的基因主要被注释到碳水化合物代谢、脂质代谢和翻译三个主要通路中。KEGG功能富集结果表明，上调表达的基因主要富集到植物—病原物互作、氧化磷酸化和MAPK信号通路中，下调表达的基因主要富集到角质、苏木和蜡的生物合成、DNA复制和戊糖和葡萄糖醛酸的相互转化的通路中。本研究通过转录组测序分析了拟南芥应对暹罗炭疽菌侵染的响应机制，结果表明拟南芥受到暹罗炭疽菌侵染后，主要通过调控茉莉酸/乙烯信号以及水杨酸信号转导通路，激活下游抗病基因以抵抗病原菌的侵染，为后续抗性育种及炭疽病的绿色防控提供了理论依据。