目的了解深圳市手足口病(HFMD)重症病例的病原学类型和流行病学特征,为本地区手足口病的预防控制提供理论依据。方法收集2011-2012年深圳市各医院送检的220例手足口病重症病例的粪便样本,应用Real-time RT-PCR技术检测肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A组16型(CA16)、肠道病毒通用型(EN)。结果 2011-2012年深圳市共发现220例重症手足口病病例,其中,2012年HFMD重症患者数量为2011年的32.53%。220例重症手足口病病例中,EV71型占80.45%,CA16型占5.00%,其他肠道病毒则占13.19%。2011年5、6月为深圳市手足口病重症的高发月份,而2012年5月和7月为高发月份。1岁组重症病例最多有82人,占重症病例总数的37.27%。重症病例人群男性多于女性(1.62∶1)。结论 EV71是引起深圳市手足口病重症病例的最主要原因,其他肠道病毒比CA16更容易引起手足口病重症。