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东南亚植物考古学研究已逾半个世纪,开展过植物考古学研究的遗址近200处,按照遗址的年代可分为三大阶段:从旧石器时代晚期到4000年以前为长期的以采集野生植物资源为主的阶段;距今4000年前后,稻、粟遗存开始在东南亚遗址中出现,但农业发展程度不高;距今3200年左右大陆东南亚进入青铜器时代,稻作农业得到快速发展,该地区铁器时代受到印度的强烈影响,多种起源于印度的植物传入大陆东南亚;而岛屿东南亚从目前证据来看,稻作农业发展缓慢,采集经济或园艺农业一直处于重要地位.