利用三大城市跨域合作专利数据,从知识流动角度分析发现:在知识流入网络中,深圳市是主要流入区;在知识流出网络中,北京市是主要流出区;在知识交流网络中,北京跨域合作创新最多,并且这3种知识交流模式都体现出非"地理邻近性"特征。进一步采用"稀有事件"模型实证回归发现,北京、上海、深圳跨域合作创新的形成机制存在差异。(1)三大城市跨域合作创新形成都依赖"制度邻近性",但是,上海市创新网络较为综合,既体现"地理邻近性"也体现"制度邻近性";(2)三大城市合作创新形成机制存在差异,其与城市的企业所有制结构密切相关。上海参与合作创新的主体是民营企业,跨域合作创新的市场特征更为明显,合作创新的形成主要依赖非正式"制度邻近性"。深圳市参与合作创新的主体是外资企业,外资企业倾向于通过正式"制度邻近性"的方式将核心技术锁定在企业内部。北京市跨域合作创新的形成以国有企业为主体,主要依赖"隶属关系"和"过往合作经验",创新网络较为封闭和稳定。