血脂异常 黄连素能显著增强肝脏超氧化物歧化酶的活性，降低肝脏过氧化脂质的水平，提高机体抗氧化能力，促进脂质代谢，从而降低总胆固醇、甘油三酯的血液含量，对防治血脂异常引起的动脉粥样硬化、冠心病、脂肪肝，有较好的治疗效果。用法：每次口服0.4～0.6克，1日3次，1疗程3～4周。
　　高血压 黄连素在人体内能竞争性地阻断血管平滑肌上的ɑ1受体，引起外周血管扩张，血管壁对血液的阻力下降，并能促进动脉释放血管内皮松弛因子，而达降低血压目的。另外，黄连素还能调节和改善血液动力学状态，减少高血压对心脏和肾脏的损害，即使长期服用也较少出现不良反应，其降压作用堪称满意。用法：每次口服0.5克，1日3次， 可连用6～8周。
　　糖尿病 黄连素可治疗2型（非依赖型）糖尿病，其作用机理是：黄连素具有抗升血糖激素作用，可使胰岛素分泌增加、作用增强，而并不影响胰岛素受体的数目和亲和力，且兼有磺脲类（D860、优降糖、美吡达）和双胍类（二甲双胍、苯乙双胍）降糖药的作用，可明显降低血糖和尿糖，显著改善“三多一少”症状。用法：口服，每次0.3～0.5克，每日3次，疗程1～3个月，一般连服20天左右即可见效。
　　糖尿病患者常同时伴有高血压、血脂异常，故患糖尿病时采用黄连素治疗，可获得“一箭三雕”、“一举多得”、“一药多治”的效果。
　　目前，糖尿病是常见病、多发病，治疗此病的药物虽很多，但黄连素与其他降糖药物比较，独具自己的特点：一是价格低廉；二是不良反应较小。
　　心血管疾病 黄连素能增加冠状动脉的血流量，改善心肌的缺血状态，从而能防治冠心病、心绞痛、心肌梗死；黄连素的有效成分小檗碱，能抑制和延迟激活钾离子流，故能使心肌细胞的动作电位时间延长，故对各种病因（冠心病、风心病、心肌炎等）导致的各种心律失常（房性、室性或室上性早博）所造成的心悸、胸闷、气短有较好疗效；黄连素还能改变心肌收缩速率和维持心脏收缩持续时间，故尚有抗心衰作用。对上述各种心血管病的用法：每次口服0.4克，每日4次，可连服7～12天。
　　脑血管病 黄连素具有抑制血小板膜受体的作用，使腺苷酸环化酶活力增强，环腺苷酸浓度增高，从而抑制血小板聚积，解除血液的高凝状态和降低血液的黏稠度。故此药能防治脑梗死、脑血栓形成。用法：口服每次0.1～0.2克，每日3次，3周为1疗程。
　　消化性溃疡病 黄连素治溃疡病（胃和十二指肠溃疡）的机理尚不十分清楚，可能与此药能抑制胃酸分泌及能杀灭溃疡病的致病菌——幽门螺杆菌（形成溃疡病的主要病因）有关。 用法：每次口服0.4克， 每日4次，4～6周为1疗程。
　　肠易激综合征 黄连素是一种作用肯定的钙通道拮抗剂，对肠易激综合征有较好的疗效，特别是制止腹泻、腹痛效果更佳。用法：每次口服200毫克，每日3次，共服2周，有效率70%。
　　增强抗排斥药疗效 黄连素能有效增强抗排斥药环孢素A在血液中的浓度， 两者配合使用，可减少肾移植患者的环孢素A服用量，且不出现任何毒副反应。这样节省抗排斥药的药费不说，还既可用较小剂量的抗排斥药取得同样效果，减少抗排斥药的不良反应。
　　溃疡性结肠炎 以黄连素为原料制作成保留灌肠的药液，保留灌肠2小时以上。用法：每日1次，2周为1疗程，连用1～2个疗程。
　　其他 黄连素尚可用于治疗：失眠、肾炎、慢性胆囊炎、糜烂型湿疹、痱子、小儿腮腺炎、脓疱疮等。
　　虽然黄连素的用处多，但每一种用法都应在医生监督、观察和指导下进行。最好分疗程治疗，1疗程结束后，间歇1周或10天，观察和判断疗效大小和不良反应，再决定是否进行下一疗程的治疗。切记，千万莫擅自随意服用，或长期不间断服用，以免出现不良后果而贻误病情。