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背景资料：某乳业有限公司为增值税一般纳税人。公司为了鼓励客户多购买本公司生产的产品，对客户购买产品达到合同约定的数量时，一次性给予一定比例的折扣。在折扣发票的开具上，公司凭客户所在地主管税务机关出具的《开具红字增值税专用发票通知单》，给客户单独开具红字增值税专用发票。日前，当地国税机关对该公司进行稽查时，对公司单独开具发票的折扣，既不允许在计算增值税时从销售额中减除，也不允许从企业所得税中扣除。税务机关的处理是否合理？