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[目的]解析紫花苜蓿、黄花苜蓿和胡卢巴属植物的亲缘关系。[方法]利用ISSR分子标记技术,对紫花苜蓿、黄花苜蓿和胡卢巴种质资源之间的亲缘关系进行研究。[结果]紫花苜蓿、扁蓿豆和黄花苜蓿有较广遗传基础,胡卢巴种质材料相对于紫花苜蓿种质材料与黄花苜蓿的亲缘关系更近。苜蓿属和胡卢巴属亲缘关系研究有利于对一些存在争议的中间过渡类型进行分类,但在对中间过渡类型分类时应找一个合适的＂度＂,以鉴定存在争议的中间过渡类型属于胡卢巴属还是苜蓿属。[结论]该研究结果为一些植物材料中间过渡类型的分类学研究提供了指导。