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目的对树鼩体内的鞭毛虫进行形态学观察及基因分析鉴定。方法取树鼩回盲部内容物和粪便经过滤离心处理直接涂片和碘液染色镜检,传统方法提取虫体总DNA,PCR扩增该鞭毛虫的18S rRNA,测序后经BLAST进行同源性分析,并应用MEGA5.1绘制系统发育进化树。结果形态学观察表明树鼩体内的鞭毛虫为三毛滴虫;测序分析表明树鼩鞭毛虫序列18S rRNA与已报道的胎儿三毛滴虫18S rRNA(AY754332.1)同源性高达99%。结论树鼩体内可感染胎儿三毛滴虫,研究结果为树鼩的寄生虫学质量控制提供依据。