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海绵共生微生物与海绵活性物质有紧密的关系,由于其大多不可培养,分子生物学技术成为海绵微生物研究的有效方法.本文重点介绍了海绵共生微生物研究中经常应用到的FISH、PCR、16S rRNA克隆测序、DGGE、RFLP等各种分子技术,对它们的特点及缺陷进行了分析与小结,希望有助于海绵共生微生物分子研究的进一步发展.